El territorio de lo que hoy es La Ceja estuvo habitado por los indios Tahamíes, tribu pacífica dedicada a la agricultura, fundamentalmente al cultivo de maíz. Hacia 1541 llegaron los conquistadores españoles a la localidad, al mando de Álvaro de Mendoza, lugarteniente del mariscal Jorge Robledo. Al arribar Mendoza a esta comarca descubrió un extenso y fértil valle colmado de hermosas y verdes praderas y surcado por abundantes y limpias aguas. Lo denominó Valle de Santamaría, el cual hoy día se conoce como Valle de La Ceja del Tambo.
Desde principios del siglo XVII, muchos antioqueños, en especial vecinos de Medellín y Santa Fe de Antioquia, comenzaron a habitarlo debido a sus atractivos naturales y las fértiles tierras, aptas para la industria agrícola y la cría de ganado.
En 1683 se abrió el camino entre San Nicolás de Rionegro y Santiago de Arma, el que a su vez conducía a Popayán. Los lugareños construyeron un refugio o tambo a la vera de esta ruta, lo cual originó posteriormente que la localidad comenzase a conocerse como “La Ceja del Tambo”.
La Ceja fue elevada a la categoría de municipio en 1855; catorce años después, en 1869, La Ceja contaba ya con varios lugares importantes además de la cabecera municipal: Vallejuelo, Medio de los Ríos, El Tigre y La Miel.
Es conocido con el apelativo de Municipio mejor trazado. Desde el año 2016 acogió el muy reconocido Festival Antioquia Le Canta A Colombiana, cuyo lema muy seguramente renovará el anteriormente reseñado: En La Ceja Del Tambo Florecen Las Músicas Andinas Colombianas.
